علمى و مذهبى زمان بر او مسلّم گرديد . خوانسارى گهگاه به عربى و فارسى شعر مىسرود و منشآت زيبا به هر 2 زبان پديد مىآورد . وى در هر 2 رشتهء معقول و منقول تدريس مىكرد و به‌همين‌جهت به « استاد الكل فى الكل » معروف گشت . شاگردان و تربيت‌شدگان او ، كه خود از اعلام فقه و حكمت بشمار مىرفتند ، عبارتند از : 2 فرزندش آقا جمال الدّين محمد محشّى شرح لمعه و آقا رضى الدّين محمد ، محمد صالح خاتون‌آبادى كه مدت 20 سال در خدمت او تلمذ كرد ، ملا ميرزاى شيروانى شارح و محشّى معالم الاصول ، شيخ جعفر قاضى ، سيد نعمت اللّه جزايرى ، محمد بن عبد الفتاح تنكابنى معروف به « سراب » عليرضا شيرازى كه شاعرى فاضل بود و « تجلّى » تخلص مىكرد و نيز ميرزا عبد اللّه افندى ، مؤلف رياضى العلماء كه به گفتهء خود شرح اشارات را نزد او خوانده است . آثار : آقا حسين خوانسارى نويسنده‌اى پركار بود و آثارى فراوان از خود به يادگار گذاشت . نوشته‌هاى او را مىتوان به 3 دسته تقسيم كرد : الف . آثارى چاپى : 1 . مشارق الشموس فى شرح الدروس . شرحى است بر كتاب الدروس نوشته شهيد اوّل ابو عبد اللّه محمد بن مكى عاملى ( 734 - 784 ق / 1344 - 1382 م ) . اين كتاب ناتمام است و آقا حسين موفق نشده است از شرح مبحث نجاست فقاع از باب طهارت فراتر رود . مشارق كتابى است شامل اخبار ائمه و گفتارهاى فقيهان امامى در هر مبحث و به گفتهء صاحب روضات الجنات از لحاظ كثرت تحقيقات كم‌نظير است . اين كتاب 2 بار در 1305 و 1311 ق / 1888 و 1893 م در تهران چاپ شده است ؛ 2 . تعليقه بر حاشيهء محقق سبزوارى . تهران ، 1317 ق / 1899 م ؛ 3 . الرسالة فى مقدمة الواجب ، ايران ، 1317 ق / 1899 م .